پایگاه میراث جهانی پاسارگاد در نيمه دوم سال 1380 در قالب پروژه ملي تخت‌جمشيد و پاسارگاد با هدف: حفاظت، مرمت و پژوهش، تربيت نيروي متخصص، استحصال و پردازش اطلاعات مختلف و انتشارآن، در محوطه تخت جمشيد و پاسارگاد آغاز بكار نمود و پس از تصويب قانون تشكيل پايگاه‌هاي پژوهشي دائمي در سازمان ميراث فرهنگي و گردشگري، فعاليت خود را در حوزه­ های مختلف علمی پژوهشی در چشم انداز فرهنگی پاسارگاد شامل دشت مرغاب، دشت پاسارگاد، دشت کمین، منطقه سرپنیران، ... بطور رسمي توسعه داد.

فعالیت های پژوهشی و اجرایی این پایگاه تا به امروز در زیرشاخه های مستند نگاري و فتوگرامتري، حفاظت و مرمت، زمين‌شناسي، باستان‌شناسي و آرکئو ژئوفيزيک، ، معماري و عمران، معرفي و آموزش، مرکز اسناد و کتابخانه، آمار و اقتصاد توسعه گردشگري روند رو به رشدي داشته است.

پایگاه در بدو شروع كار موفق شد پرونده نامزدي ثبت جهاني پاسارگاد را تدوين و به سازمان ميراث جهاني يونسكو ارسال نمايد. که در نتیجه آن محوطه تاریخی فرهنگی پاسارگاد با شماره  1106در 17 تیر  1383 خورشیدی برابر با 7 جولای 2004 میلادی در اجلاس بيست و هشتم در کشور چین به ثبت جهانی رسید.

اين پایگاه با استفاده از نيروهاي جوان در رشته‌هاي وابسته، فارغ‌التحصيل و دانشجويان مقاطع كارشناسي‌ارشد و دكتري، علاوه بر اشتغال‌زايي و تربيت نيروي متخصص، اصل ارتباط با دانشگاه‌ها و مراكز علمي را فراموش نكرده و از آخرين روش‌های موجود در مراكز و مؤسسات علمي و تحقيقاتي بهره‌مند مي‌شود. طيف گسترده و متنوع موضوعات پژوهشي در رشته‌هاي مختلف مرتبط با محوطه تاریخی فرهنگی پاسارگاد باعث شده است كه اين مركز پژوهشي با مؤسسات تحقیقاتی داخلي و خارجي بسياري در زمينه‌هاي گوناگون همكاري داشته باشد.

از جمله اين همكاري‌ها مي‌توان به موارد زير اشاره كرد:

• همكاري با مركز ملي پژوهش‌هاي علمي فرانسه CNRS در زمینه عكسبرداري هوايي، کاوش­های باستان‌شناسي در تنگ‌بلاغي
• حفاري باستان‌شناسي در تنگ بلاغي با همكاري تيم‌هاي باستان‌شناسي كشورهاي آلمان، فرانسه، ايتاليا، ژاپن، لهستان، آمریکا.
• یادداشت تفاهم با موسسه عالی حفاظت و مرمت رم-ایتالیا (ISCR) در زمینه فعالیت های حوزه حفاظت و مرمت، مستند نگاری، فتوگرامتری و اسکن لیزر، زمین شناسی، گیاه باستان شناسی، شیمی، زلزله،...
• همکاری با دانشگاه لیون2 فرانسه در زمینه فعالیت­های باستان شناسی، ژئوفیزیک، ژئو الکتریک، نقشه برداری و ...
• همکاری با دانشگاه کالیفرنیا در زمینه فعالیت های باستان شناسی.

نكته قابل توجه اين كه پایگاه میراث جهانی پاسارگاد علاوه بر استفاده از نيروهاي جوان و پرانرژي، نيروي­های پیشکسوت كارآزموده و مجرب را نيز فراموش نكرده و از آنها در كنار نيروهاي جوان یاری گرفته است. اين امر باعث شد علاوه بر احترام و دعوت بكار متخصصين پیشکسوت، كارشناسان جوان نيز از تجارب آنان بهره‌مند شوند و پایگاه به عنوان پیوند دهنده نسل قديم و جديد عمل نمايد.