در اطراف آرامگاه كوروش با فواصل نا منظمي (10 و 11 و12 متر) به طور متفاوت و بدون رعايت جهات و نكات معماری و مهندسی در ادوار اسلامی ستونهايی گزارده و آنجا را بصورتی در آوردند كه درب ورودی اين مسجد به سمت غرب بوده و روی آن اين كتيبه ديده می شده است :
« الاماره المسجد الجامع الملك العادل العالم المعيد…والاسلام المسلمين ملك سليمان سلغرسلطان سعدبن زنگي اتابك ناصر اميرالمؤمنين خلدالله سلطانه …عشرين…»
از مفاد نبشته بالا چنين مستفات می گردد كه مسجد در زمان فرمان روايی اتابك سعدابن زنگی (اتابكان فارس يا سلغيان) در اواخر سلطنت سلجوقيان سال 543 هجري به فارس آمدند و تا سال 686 در فارس فرمانروايی ميكردند، سنگ های ستونی اين مسجد را از دو قصر كوروش آورده اند بدين معنی كه ستون های سه ايوان شرقی و غربی را با ستون های قطور قصر بار وستون های ايوانی شمالی با ستون های باريك قصر اختصاصی كوروش ساخته گرديد.
اين مسجد از نظر معماری قابل توجه نبوده اما از نظر فلسفی و آئينی بسيار اهميت داشته و نمودار احترامی بوده كه مردمان روزگار را به كوروش و آرامگاه او می داشته اند.
در داخل اتاق آرامگاه، در سمت قبله، محراب كوچكی در زمان اتابك سعد زنگی، يعنی در سال 621ه.ق حجاری كرده اند قرون بر آن، تصوير شاخصی كه نشانگر قبله می باشد، همزمان با حجاری محراب، حجاری شده و در همان سمت قرار دارد و در حاشيه دور محراب چهار آيه اول سوره فتح با خط ثلث معمولی كنده كاری شده كه امروزه به راحتي قابل خواندن نيست.