کاروانسرای مظفری در فاصله 140 متری ضلع شمال شرقی آرامگاه کوروش واقع شده و مشتمل است بر حیاطی به مساحت 208 متر مربع با ایوانی پیرامونی به پهنای 30/3 متر که حجره های متعدد کوچک و بزرگی در پشت آن وجود داشته است. این بنا در زمان حکمرانی اتابکان در فارس، به دستور شاه شجاع مظفری برای رفاه حال زائران از مشهد مرغاب ساخته شد. در خلال سال های 1332-1328 که مرحوم سامی عهده دار فعالیت های باستان شناسی در پاسارگاد می شود، بخش عمده ضلع غربی کاروانسرا با دخل و تصرفاتی در کالبد معماری اثر، بازسازی می گردد و برای انجام امور اداری و فنی مورد استفاده قرار می گیرد. شواهد به وضوح نشان می دهند که برای بازسازی این بخش از بنا، دقت زیادی به کار نرفته است. آنچنان که پیداست، نمای اصلی ساختمان را سنگ های سفید پاک تراشی تشکیل داده که در دوره آل مظفر برای ساخت کاروانسرا از دیگر کاخ ها جدا شده و به این محل منتقل گردیده اند و در زمان سامی مجددا جمع آوری شده و با تکنیک خشکه چینی بر روی هم قرار می گیرند. سایر دیوارها از سنگ های لاشه با ملات گل ساخته شده اند و برای اینکه آب باران به درون جرزها رخنه نکند، با ملات سیمان بندکشی شده اند. سقف بنا نیز به صورت تخت و با آجر و تیرآهن اجرا گردیده است. به طور کلی چفت و بست نامناسب بین عناصر و اجزای معماری، ضعف بارز ساختمانی این بخش از کاروانسراست. با اتمام دوره ماموریت سامی در پاسارگاد، این ساختمان هم متروکه شده و رو به تخریب می گذارد تا جایی که اکنون جز سازه ای متزلزل و ناپایدار، با سقفی فرو ریخته و دیوارهای از هم پاشیده که هر لحظه بیم ریزش آن می رود، از این بنا باقی نمانده است. همین مسئله و دلایلی دیگر سبب شدند تا موضوع مرمت و استحکام بخشی این بنا به طور جدی برای سال جاری در دستور کار پایگاه قرار گیرد. پیشتر در چند نوبت هم در قالب قرارداد مشاوره و هم در قالب رساله دانشجویی، اقدام به تهیه طرح مرمت برای کاروانسرا شده است، لیکن این مطالعات نیازمند جمع بندی و اتفاق نظر فنی می نمود. بر همین اساس پیشنهاد برگزاری شورای فنی پارسه ـ پاسارگاد در محل کاروانسرا ارائه گردید و در تاریخ 5 تیرماه 1400 با حضور اعضا، کلیت طرح استحکام بخشی و احیا ضلع غربی کاروانسرا به تایید رسید. با توجه به کامل بودن اسناد و مدارک، بلافاصله برنامه ریزی برای انجام این پروژه مرمتی در هشت مرحله انجام گرفت. این مراحل عبارتند از: 1- مهاربندی 2- برچیدن بخش های فرسوده، زائد و غیر قابل نگهداری 3- آواربرداری 4- پلاک گذاری بلوک های سنگی 5- پیاده سازی بلوک های سنگی 6- دوباره چینی دیوارهای برچیده شده (توام با بازنگری در انتخاب و نحوه به کارگیری مصالح و اصلاح فنون ساخت) 7- پوشش دهی 8- تاسیسات و مبلمان. این پروژه از نیمه تیرماه سال جاری آغاز شده و پیش بینی می شود تا پایان سال، پنج مرحله از مراحل هشتگانه فوق به سرانجام برسد. مقرر است پس از پایان عملیات مرمت و استحکام بخشی، با اعطای کاربری درخور و متناسب با ماهیت اثر، به بخشی از نیازهای منطقی مجموعه پاسخ داده شود.